切除扁桃体的弊端就是在扁桃体并不是炎症病灶或者并没有过度肥大的时候，而将扁桃体切除，会影响它该有的一些生理功能，比如抵抗炎症、免疫功能等等。所以切除扁桃体，手术指征一定要筛查严格。扁桃体是人体有一定免疫功能的淋巴组织，如果仅是因为扁桃体发炎会有痛苦，或者体积偏大，而过于积极的选择摘除术，就等于人为撤掉了一个把门的士兵。如果发炎次数过多，这个士兵其实已经变成了一个健康的捣乱分子，应该尽早把它切除掉。另外，如果扁桃体肥大到一定程度，即使发炎次数很少，但是太大了，就会占据呼吸道的一部分，自然会减少每次吸入气体的总量，也就减少了氧气的摄入，久而久之小儿会影响发育，成人则会导致提前衰老。如何掌握扁桃体摘除术最合理的时机，这就必须听从专业耳鼻喉科医生的建议，切不可自己就草率的做决定，切或者不切。